發(fā)布時間: 2025-04-24 14:32:25
2025年4月16日,《BMC Neurol》刊登了一項中國學(xué)者的孟德爾隨機化(MR)研究論文,探討了帕金森?。≒D)與胃癌的因果關(guān)系。該研究通過雙樣本和兩步MR方法,利用遺傳變異作為工具變量,排除了傳統(tǒng)觀察性研究中的混雜偏倚,得出了一系列重要發(fā)現(xiàn)。
摘要
背景
PD與胃癌等年齡相關(guān)疾病對全球老齡化人群構(gòu)成了顯著負擔(dān)。既往觀察性研究提示PD可能與胃癌存在相關(guān)性,然而研究結(jié)果尚不一致。本研究基于全基因組關(guān)聯(lián)研究(GWAS)數(shù)據(jù),運用MR方法探討PD與胃癌之間的潛在因果關(guān)系。
方法
本研究采用雙樣本MR分析,利用GWAS數(shù)據(jù)庫中共計482,730例PD患者及476,116例胃癌患者的數(shù)據(jù)。以逆方差加權(quán)法(IVW)作為主要分析方法,同時開展敏感性分析評估異質(zhì)性與多效性,并進一步進行兩步MR分析,以明確PD與胃癌之間因果關(guān)系的潛在中介因素。
結(jié)果
結(jié)果顯示,PD與胃癌之間存在負向因果關(guān)聯(lián)。異質(zhì)性與多效性分析支持IVW結(jié)果的穩(wěn)健性。此外,P2X6被識別為介導(dǎo)該負向因果關(guān)系的關(guān)鍵中介因子。
結(jié)論
PD患者可能具有較低的胃癌發(fā)生風(fēng)險,而P2X6可能在其中發(fā)揮重要中介作用。本研究所揭示的新機制為PD及胃癌的潛在治療靶點開發(fā)提供了新的理論依據(jù)。
結(jié)果
MR分析揭示PD對胃癌的負向因果效應(yīng)
我們發(fā)現(xiàn)PD與胃癌之間存在顯著的負向因果關(guān)系。在雙樣本MR分析中,以PD為暴露變量、胃癌為結(jié)局變量,并以SNP為工具變量,IVW結(jié)果顯示PD可能降低胃癌的發(fā)病風(fēng)險。
在完整的MR分析中,Cochran’s Q檢驗結(jié)果提示該分析不存在異質(zhì)性。Leave-one-out敏感性分析顯示,未發(fā)現(xiàn)任何單一SNP對PD與胃癌因果效應(yīng)的估計產(chǎn)生顯著干擾,進一步確認結(jié)果的穩(wěn)健性。此外,水平多效性分析未顯示明顯多效性證據(jù)(P = 0.715)。
當以胃癌為暴露、PD為結(jié)局變量進行反向MR分析時,未觀察到胃癌對PD風(fēng)險的潛在因果效應(yīng)。
PD與胃癌之間因果路徑的中介變量識別
為進一步探索PD對胃癌影響的潛在機制,我們開展了兩步孟德爾隨機化分析。采用IVW方法,結(jié)果顯示P2X6可能為PD與胃癌之間關(guān)聯(lián)的重要中介變量。具體而言,我們發(fā)現(xiàn)PD對P2X6具有正向因果效應(yīng),而P2X6對胃癌則表現(xiàn)出負向因果效應(yīng)。
研究方法
雙樣本MR分析
本研究采用雙樣本MR方法,以探究PD與胃癌之間的潛在因果關(guān)系。分析分為兩個階段:第一階段將PD作為暴露變量,胃癌為結(jié)局變量;第二階段則將胃癌作為暴露變量,PD為結(jié)局變量(見圖1)。SNP被用作工具變量。雙樣本MR分析基于以下三個核心假設(shè):(I)工具變量與暴露(PD/胃癌)顯著相關(guān);(II)工具變量僅通過暴露變量對結(jié)局變量(胃癌/PD)產(chǎn)生影響;(III)工具變量與混雜因素?zé)o關(guān)。
暴露與結(jié)局的匯總水平數(shù)據(jù)均來自GWAS數(shù)據(jù)庫,樣本均為歐洲人群。PD的GWAS數(shù)據(jù)(編號:ieu-b-7)包含33,674名PD患者與449,056名對照者,共納入17,891,936個SNP,用于暴露變量的遺傳關(guān)聯(lián)統(tǒng)計。胃癌的GWAS數(shù)據(jù)(編號:ebi-a-GCST90018849)包含1,029名胃癌患者與475,087名對照者,共納入24,188,662個SNP,用于結(jié)局變量的遺傳關(guān)聯(lián)統(tǒng)計。
在MR分析中,我們使用與暴露變量相關(guān)的遺傳變異作為工具變量,推斷暴露與結(jié)局之間的潛在因果關(guān)系。主要分析方法為乘法隨機效應(yīng)模型下的IVW,并輔以MR-Egger回歸、加權(quán)中位數(shù)法、簡單模式法與加權(quán)模式法。若五種方法中至少一種分析的P值?<?0.05,即認為存在統(tǒng)計學(xué)顯著的因果關(guān)聯(lián)。PD相關(guān)遺傳變異篩選標準為:GWAS中P值?<?5?×?10??(常用于降低假陽性率并確保關(guān)聯(lián)穩(wěn)?。?,并滿足以下條件:位于10,000 kb范圍內(nèi)、低連鎖不平衡(r2?<?0.001)、工具變量強度充足(F統(tǒng)計量?>?10)。
兩步孟德爾隨機化分析
為進一步識別可能介導(dǎo)PD與胃癌之間因果關(guān)系的候選蛋白(中介變量),本研究開展了兩步MR分析。蛋白質(zhì)相關(guān)GWAS數(shù)據(jù)來源于GWAS數(shù)據(jù)庫(編號:prot-a-2160)。兩步MR分析中,暴露對結(jié)局的直接效應(yīng)計算公式為:β? ? β? × β?。其中,β?表示暴露對結(jié)局的總因果效應(yīng),β?表示暴露對中介變量的因果效應(yīng),β?表示中介變量對結(jié)局的因果效應(yīng),β? × β?則代表暴露通過中介變量對結(jié)局的間接效應(yīng)。
水平多效性通過MR-Egger回歸的截距項進行評估。所有分析均在R軟件(版本4.2.1)中使用TwoSampleMR包(版本0.5.6)完成。
小結(jié)
本研究基于大規(guī)模GWAS數(shù)據(jù),采用雙樣本孟德爾隨機化方法系統(tǒng)評估了帕金森病與胃癌之間的潛在因果關(guān)系。通過多種孟德爾隨機化分析方法的互為驗證、異質(zhì)性及多效性分析的穩(wěn)健支持,以及兩步孟德爾隨機化模型對中介機制的探索,本研究不僅加強了結(jié)果的可信度,也為后續(xù)機制研究與臨床干預(yù)提供了理論依據(jù)。
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